Die Pfarrkirche St. Nikolaus ist nicht Schöpfung eines Augenblicks, sondern wuchs durch mehrere Jahrhunderte hindurch zu ihrer heutigen Gestalt. Der eingezogene Chorraum und das Landhaus der heutigen Pfarrkirche St. Nikolaus sind im Kern spätmittelalterlich.
Der Chor, welcher deutlich außer dem Winkel des Schiffs steht, schließt mit einem spätromanischen Kreuzgewölbe. 1617 wurde eine Sakristei angebaut. Im Jahre 1705 wurde das Langhaus erweitert, erhöht und der spitzbehelmte Chorturm errichtet. 1954/1955 wurde die Skristei erweitert und eine Vorhalle angebaut. 1970 wurde abermals das Langhaus erweitert und die vormals zweigeschossigen hölzernen Emporen entfernt. Die Sakristei wurde neu gebaut. Die heutige Orgel stammt aus 1902, sie ist die vierte Orgel in der Geschichte der Kirche.
Die Konsekration der des Gotteshauses war 1613 durch Bischof Friedrich. Aus der Mitte des 18. Jahrhunderts stammen die drei Altäre: der Hochaltar von 1731 zu Ehren des hl. Nikolaus, des Hl. Kaisers Heinrich und der Hl. Kunigunda; der Altar neben der Sakristei: in honorem beate Mariae virgini und aller Engel; der 3. Altar zu Ehren des hl. Kreuzes, aller Apostel und des Hl. Otto I. Beide Seitenaltäre stammen aus dem Jahr 1744. Das alljährliche Kirchweihfest am zweiten Sonntag im Oktober geht auf die Weihe der Kirche am 13.10.1613 zurück und wird noch heute mit traditionellem Ablauf gefeiert.
Im Turmaufsatz sind zahlreiche Manuskripte zu finden. In einer Schrift von Pfarrer Kotz aus 1960 heißt es: „Erhalte und bewahre uns den Frieden – den Völkerfrieden – den Weltfrieden – den Frieden in unseren Gemeinden und Familien – den Frieden der Seele.“ - Dieses Gebet ist aktueller denn je.
Aktuell wird die altehrwürdige Pfarrkirche saniert und soll Ende März 2020 wiedereröffnet werden.
Fürstbischof Phillipp Graf von Henneberg erhob Windheim am 3. April 1478 zur Pfarrei und löste Windheim so aus der Pfarrei Teuschnitz. Im Stiftungsbrief werden Hirschfeld, Buchbach und Steinbach als eingepfarrte Ortschaften genannt. Die Errichtung der Pfarrei erfolgte, wie es in der Urkunde heißt, "um des langen Weges Willen, dann der Kriegsläufte, Überschwemmungen durch Schnee und Ungewitter..., zumal das Volk ohne die Sakramente und die Kinder ohne Taufe verschieden" seien.
(Veronika Schadeck)
Für die Menschen in Windheim und Hirschfeld ist der Hochaltar mit vielen Erinnerungen verbunden. Manche wurden davor getauft, die meisten empfingen die Heilige Kommunion. Schon beim Betreten der Pfarrkirche, die unter Denkmalschutz steht, fallen viele kostbare und kunsthistorische Merkmale an den Altären auf. Eines davon ist das Gemälde des heiligen Nikolaus im barockem Hochaltar. Über dem Bildnis thronen Gottvater, Gottsohn und Gott heiliger Geist.
Der Hochaltar und die Seitenaltäre sind aus marmoriertem Holz mit vielen Bildern und Figuren. Zwischen und neben den Säulen befinden sich die golden gefassten Holzfiguren des Heiligen Heinrich und der Heiligen Kunigunde sowie des Heiligen Sebastians und des Heiligen Ottos. Der linke Seitenaltar, ein marmorierter Holzaufbau wurde bereits um 1744 von Johann Georg Melltzer gefasst. Der rechte Seitenaltar stammt aus dem 18. Jahrhundert. Kunstvoll ist auch die Kanzel aus dem Jahre 1755 mit vergoldetem Rocailledekor und von einer korinthisierenden Säule getragen. Mit den kunstvollen Verzierungen und der prächtigen Ausgestaltung mit Gold sind das in der Tat die Schmuckstücke der Pfarrkirche.
Die Altäre wurden im Zuge der Sanierungsmaßnahme vom Kirchenrestaurator Stefan Löffler wieder richtig in Szene gesetzt.